1、实验室检查
1）血常规。白细胞计数正常或降低，病情危重者白细胞计数可明显升高。
2）血生化检查。部分病例可有轻度谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、肌酸激酶同工酶（CK-MB）升高，病情危重者可有3钙蛋白（cTnI）、血糖升高。C反应蛋白（CRP）一般不升高。乳酸水平升高。
3）血气分析。呼吸系统受累时可有动脉血氧分压降低、血氧饱和度下降，二氧化碳分压升高，酸中毒。
4）脑脊液检查。神经系统受累时可表现为：外观清亮，压力增高，白细胞计数增多，多以单核细胞为主，蛋白正常或轻度增多，糖和氯化物正常。
5）病原学检查。CoxA16 、EV71等肠道病毒特异性核酸阳性或分离到肠道病毒。咽、气道分泌物、疱疹液、粪便阳性率较高。
6）血清学检查。急性期与恢复期血清CoxA16、EV71等肠道病毒中和抗体有4倍以上的升高。
2、影像学检查
1）胸X线检查。可表现为双肺纹理增多，网格状、斑片状阴影，部分病例以单侧为著。
2）磁共振。神经系统受累者可有异常改变，以脑干、脊髓灰质损害为主。
3）脑电图。可表现为弥漫性慢波，少数可出现棘（尖）慢波。
4）心电图。无特异性改变。少数病例可见窦性心动过速或过缓，Q-T间期延长，ST-T改变。
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